Comme toutes les institutions du domaine des hautes écoles suisse, le PSI est soumis à un cycle de planification quadriennal. Le message du Conseil fédéral en matière d'encouragement dans le domaine de la formation, de la recherche et de l'innovation (message FRI) constitue l'instrument de planification central de la Confédération en matière d’éducation. Il comprend également les objectifs stratégiques du Conseil fédéral pour le domaine des EPF. Dans sa planification stratégique, le Conseil des EPF reprend ces objectifs et formule les priorités correspondantes pour l'enseignement, la recherche, le transfert de connaissances et les grands projets prioritaires pour l'ensemble du domaine des EPF. En tenant compte de ces processus généraux, le PSI définit ses priorités stratégiques en matière de recherche et d'investissements pour la prochaine période quadriennale et élabore, avec la participation de toutes les unités organisationnelles, son plan de développement, qui est ensuite soumis au Conseil des EPF pour approbation. Les priorités du PSI définies pour la période de planification 2025-2028 sont résumées dans le document «Strategic Outlook» (en anglais).